La inconveniente ubicación de la nueva terminal ferroviaria, abierta el 1º de marzo de 2003, provocó la perdida de unos 100.000 pasajeros por año de los trenes de la línea Montevideo-Progreso-25 de Agosto, debido a su alejamiento del centro de la ciudad. El Grupo de Pasajeros sostiene que debe existir un “plan maestro” para los distintos espacios de los terrenos y edificio que conforman la Estación Central dándole prioridad al servicio ferroviario, transformando el edificio en un centro de intercambio de viajeros entre trenes y ómnibus. El barrio de la Aguada se vería beneficiado con la afluencia de público. También quedarían libres parte del edificio principal, los galpones sobre la calle Paraguay y lo que era la playa de cargas para otros emprendimientos, sin afectar la operativa. Dicho proyecto fue presentado a las actuales autoridades de AFE.
Al cumplirse 14 años del último tren a la Estación Central, el Grupo de Pasajeros convoca a una movilización el próximo martes 28 de febrero a las 17:00 horas frente al histórico edificio de La Paz y Paraguay a donde habrá una pequeña muestra de cómo se llegó a la situación actual y ejemplos de estaciones de otros países del mundo.
El abandono de la Estación Central y su playa de maniobras repercutió también en la operativa de los trenes de carga, ya que la misma se usaba como terminal para el trafico portuario así como de anexo de la estación Lorenzo Carnelli, la cual se encuentra operando a máxima capacidad. Debido a esto los trenes de carga deben esperar liberación de vías en estaciones del interior incluso por varios días, aumentando los costos operativos y desaprovechando el material rodante. Si bien se utilizaron 4 vías de la playa de maniobras entre 2009 y agosto de 2011, las mismas actualmente están sin uso debido a los problemas judiciales que afectan los inmuebles.
En varias ciudades del mundo donde las estaciones fueron reubicadas se comprobó posteriormente el error debiendo luego devolver los trenes al lugar original, restaurando los históricos edificios (Richmond, Saint Paul, Washington D.C.) o construyendo nuevas estaciones en el antiguo emplazamiento (Auckland, Belfast, Hong Kong).
En todos los casos se verificó un aumento del número de pasajeros después de la recuperación del antiguo punto terminal de los trenes.